深圳作为粤港澳大湾区的核心城市之一，需要承担起引领粤港澳大湾区齐头并进发展的“驱动”作用，在这一基础上，深圳需要优化口岸功能，在口岸功能分工上做到差异化；完善口岸布局，做好深圳西部地区新口岸的规划建设；进一步提高深圳中部口岸的通关效率，主要是接入城际线，接入地铁，提高交通的纾解能力和服务水平；预留口岸发展弹性等。
其中，皇岗口岸重建是深圳市落实粤港澳大湾区发展规划纲要和推进中国特色社会主义先行示范区建设的重要着力点。作为皇岗口岸重建“三步走”战略的第一步，临时旅检场地建设堪比“开着汽车换轮胎”，时间紧、任务重，难度在深圳口岸改造和建设中前所未有。目前，在市皇岗口岸重建指挥部各成员单位紧密配合和各参建单位全力推进下旅检大楼已基本完工，体现了新时代的“深圳速度”。
据悉，皇岗口岸位于深圳市福田区南端，于1985年5月开始建设，1994年11月实行货检24小时通关，2003年1月实行旅检24小时通关，是我国第一个、也是目前深港之间唯一的24小时通关口岸。
皇岗口岸采用“两地两检”查验模式，监管区占地面积65.3万平方米，生活区6.8万平方米，商业服务区29.5万平方米；共设有出入境小汽车、客车检查通道10条（出入境各5条），货车检查通道40条（出入境各20条）；旅客检查通道88条（人工通道31条、自助查验通道57条）。设计通过能力为每日车辆5万辆次(标准车)、旅客5万人次。
皇岗口岸在未来还会取消货检，变为纯旅检口岸，并引入3条城轨、2条地铁。预计最高每日客流量将达30万人次，成为辐射大湾区、面向世界的超级口岸和综合交通枢纽，成为现代化国家一级口岸。
目前，除皇岗口岸外，深圳在运营的陆路口岸还有罗湖口岸、福田口岸、文锦渡口岸、沙头角口岸和深圳湾口岸，另有莲塘口岸仍在建设中。
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福田口岸
福田口岸位于福田区裕亨路23号（福田保税区东侧）。总占地面积62962平方米，总建筑面积84198平方米。旅检大厅面积约12000平方米，二层为入境旅检大厅，三层为出境旅检大厅。
福田口岸设计日过境旅客通过能力为25万人次。设计通关时间为每日6：30时至24：00时。经深港双方商定，从2007年口岸开始运行起，通关时间暂定为每日6：30时至22：30时，运行16小时，与深圳地铁的运营时间相衔接。
福田口岸共有出入境旅客通道167条，其中出境人工通道30条，自助通道57条；入境人工通道28条，自助通道52条。
文锦渡口岸
文锦渡口岸位于深圳市罗湖区南面、香港新界北面，由一座公路桥与香港新界相连。是以供港鲜活产品及进口水果通关为特点的客、货运综合性公路口岸。
文锦渡口岸是改革开放前深圳仅有的两个陆路口岸之一。2010年，文锦渡口岸开始进行旅检场地改造。2013年8月26日，文锦渡口岸客运区域改造完成并恢复运行。改造后，设计日过境旅客通过能力30000人次；日过境车辆通过能力10000辆次。
文锦渡口岸区域占地面积13.8万平方米。其中，出入境旅检场地3万平方米，出入境货物查验场地10万平方米（入境6万平方米，出境4万平方米）。共有28条车辆检查通道，其中，货车通道18条（入境10条，出境8条），小（客）车查验通道10条（出入境各5条，其中：小车通道3条、客车2条）。文锦渡口岸每日7时开闸，22时关闸，运行15小时。
罗湖口岸
罗湖口岸位于深圳罗湖商业中心区南侧，与香港新界一河之隔，深港两地由一座双层人行桥和一座铁路桥相连，是改革开放前深圳仅有的两个陆路口岸之一。
罗湖口岸现联检大楼于1984年1月开始动工兴建，1985年6月14日竣工启用。占地面积9106平方米，主楼高12层(含地下一层)，南、北附楼各3层，总建筑面积共70623平方米。
罗湖口岸出入境验证通道共有186条，其中人工查验通道81条，自助查验通道105条。口岸设计通过能力由上世纪八十年代每天20万人次，提高到2002年以来每天40万人次。罗湖口岸开放时间为每天6时开闸，24时关闸，运行17.5小时。
深圳湾口岸
深圳湾口岸位于深圳市南山区蛇口东角头填海区，由口岸区、深圳湾大桥、连接线三大部分组成，于1996年开始筹备，2003年8月28日动工，2007年5月30日竣工并顺利通过国家验收，2007年7月1日正式启用。
深圳湾口岸占地总面积为117.93万平方米，其中，深方口岸监管区占地面积为76.37万平方米，建筑面积9.4万平方米，港方口岸监管区占地面积41.56万平方米，建筑面积6.6万平方米。旅检大楼实际占地面积为21,641平方米（其中深方10,820平方米，港方10,821平方米），建筑总面积为56,677平方米（其中深方29,399平方米，港方27，278平方米）。深圳湾口岸港方口岸监管区位于深方界内，实施“一地两检”查验模式，通过深圳湾公路大桥与香港市内连接。
深圳湾口岸旅客出入境通道共109条，其中出境人工15条、自助39条，入境人工17条、自动38条；客车出境查验厅旅客通道5条，自助5条。通关时间为6：30时至24：00时，每天共17.5小时。口岸设计通过能力为每日车辆5.86万辆(其中货车4.32万辆次、小汽车1.4万辆次、大客车1500辆次)，设计旅客流量为每天6万人次。
沙头角口岸
沙头角陆路口岸位于深圳市盐田区沙头角街道沙深路51号，服务于我市盐田、龙岗及珠江三角洲东部地区的辅助性客货综合性口岸。1984年9月经国务院批准对外开放，1985年3月建成使用，2005年1月28日启用新的口岸跨境大桥。
沙头角口岸管理区占地面积约4.2万平方米，其中出入境旅客查验场地5700平方米，出入境货物查验场地3.6万平方米。
沙头角口岸共设有出入境车辆检查通道10条(出入境各5条)，查车台15个；出入境旅客检查通道24条(其中人工查验通道14条，自助查验通道10条)。此外，还建有专门供香港灵柩入境的检查服务设施，为港澳同胞前往大鹏湾“华侨墓园”办理安葬和扫墓活动提供方便。设计通过能力每日车辆1500辆次、人员1500人次。沙头角口岸旅检和货检场地的通关时间均为每日7时开闸，22时关闸，运行15小时。
莲塘口岸
莲塘口岸位于罗湖区莲塘街道西南角，北临罗沙路，南至深圳河，是深圳市规划建设的第七座跨境陆路口岸。
莲塘口岸于2013年开建，口岸总投资15.45亿元，占地面积达到17.7公顷，总建筑面积13.7万平方米，口岸定位为客货运综合口岸，承担香港与深圳东部、惠州以及粤东、赣南、闽南之间的跨界货运兼顾客运，是实现深港跨界交通“西进西出、东进东出”总体格局的东部重要口岸。
莲塘口岸旅检大楼二楼为入境、三楼为出境，每层设置旅客查验通道各27条（其中人工通道6条，自助通道21条）；出入境小查验厅查验通道各5条（其中人工通道2条，自助通道3条）；车辆出入境查验通道客车通道各4条，货车通道各7条，合计车辆出入境查验通道各11条。莲塘口岸通关时间拟定为7：00时至22：00时。