粤港澳大湾区交通领域的互融互通，目前还存在一些障碍和瓶颈需突破。截止目前，港铁的售票网站不能一次过购买香港段和内地段的车票，后者需在12306网站购买，在西九龙站的中铁柜位购票或取票，缴付10至30元手续费。港人在内地办票过程时，在深圳北和广州南站仍有取票机未有加入香港西九龙站的选项，不少售票机未能读取港澳居民回乡证。同时，在从港铁网站购买深圳北返回香港西九龙站的车票，但暂不能在深圳北站办理改票或退票手续。
不少专家学者认为，上述问题需要两地磨合，但也可通过科技来解决。他们呼籲尽快推动车票电子化，取消领取纸质票环节，令粤港之间的高铁列车逐步实现地铁化运营。特区政府亦表示，政府和港铁正与中铁商讨优化港铁公司的购票网站。
广深港高铁开通初期，大批在内地12306网站订购内地车票的旅客，因只能在指定的人工柜枱取票，高峰时排队人龙挤满离境大堂。还有一些网上购票的旅客批评西九龙站自助售票机失灵，无法读取回乡证等证件，令他们需要在售票柜枱轮候取票。港铁其后急忙“补镬”，将中国铁路总公司的柜位增至十个，并增设八部“12306自助取票机”，但仅接受持有中华人民共和国第二代身份证的居民使用。
两地在制度上要有突破
香港中联办副主任、中国科学院院士谭铁牛日前出席“粤港澳大湾区机遇下的互融互通论坛”时指出，上述问题都可以用科技来解决，他打比方说，近期美国运输安全局表示，为了缩短旅客的安检时间，将在亚特兰大和丹佛多个机场试行指纹及人脸识别技术，若试用成功，该系统将有望取代使用传统的纸本登记和身份证件。
招商银行深圳分行行长岳鹰亦在论坛上表示，目前广深城际铁路已实现了银联IC卡闪付、银联手机闪付过闸乘车服务。乘客只需要拿出手机感应就可顺利过闸，省去了买票取票等繁琐手续。“城际铁路可以，高铁上也可以。”岳鹰指出，广深港高铁实现车票电子化在技术层面上完全不是问题，更多是需要内地和香港两地相关部门的共同支持，在制度方面需要做得更多。岳鹰认为，凭藉电子身份证、人脸识别技术，再加上电子支付的技术，可以解决广深港城际铁路以及高铁的票务和通关问题。
运输及房屋局回覆大公报称，特区政府与港铁公司会继续与铁总商讨各项营运事宜，包括列车服务、购票安排、票价等。长远而言，政府与港铁公司正与中铁商讨优化港铁公司的购票网站，配合12306购票网站的设计及要求，以早日达至网站互通，让港人可於网上直接购买高铁香港段及内地段的车票。
研内地设港铁售票机
港铁发言人称，根据观察，加设铁总柜位和12306自助取票机的安排，能够大致满足乘客的需要，运作亦大致畅顺，港铁公司会继续与中铁控股保持紧密沟通。港铁指，高铁香港段新系统启用初期需要一定时间磨合，包括票务系统，就磨合期间留意到的问题，公司均会即时适切跟进，并会与铁总继续保持紧密沟通和合作，就其需要提供适切协助。
对於西九龙站的票务问题，港铁主席马时亨称，现时高铁两地票务安排需要磨合，未来将致力改善。马时亨同时表示，如何让高铁取票变得更便捷，可从电子化方面进行突破，如何让坐高铁和坐地铁一样便利。针对市民反映的广深港高铁票价过高问题，马时亨透露，港铁可能会借鉴国外的经验，研究月票，让经常往来广深港的乘客享受更优惠票价。
港区全国人大代表、立法会议员田北辰认为，在粤港澳大湾区融合下，这些问题并不难解决。他表示，不少港人向他反映希望更易在12306系统购票，建议两地应有对等安排，中铁可研究在深圳北、广州南等主要车站，装设港铁公司的自助售票机。