据媒体消息，6月1日起，南沙客运港每日往返香港中港城码头及香港机场码头将增至18个航班，航班覆盖早、中、晚各时段，其中从南沙出发去香港最早一班为9时，最晚一班为18时15分；而从香港中港城出发来南沙最早一班为8时30分，最晚一班则是18时40分，到达南沙为20时10分。
据悉，在航班班次加密后，南沙客运港将在广州多地设置往返南沙客运港的交通接送网点，为旅客提供乘船便利。其中，南沙客运港将直接为旅客提供预办登机、行李直挂服务。旅客到达香港机场后，根据香港政策，凡搭乘获香港机场管理局批准在机场内碇泊船舶并乘飞机离开的旅客，还可以享受退税120元港币的政策。航班加密后，从南沙港直达香港中港城码头，早中晚随时出发，通关便利快捷，是南沙前往香港机场首选的出行方式。
目前，南沙边检站在客运港口岸共设置11条自助查验通道（入境现场6条，出境现场5条），旅客最快可以在8秒内轻松完成边检自助查验。
值得一提的是，使用边防检查自助查验通道出入境的中外旅客，可以在通关现场的自助打印机上免费打印最近一次自该口岸出境或入境的记录凭证，该出入境记录凭证与边检机关加盖在出入境证件上的中国边检验讫章具有同等效力。