据澳门卫生局消息，为保障港珠澳大桥的顺利开通和后期运营安全，港珠澳大桥卫生检疫工作已准备就绪，澳通道将实施创新的模式，即出境方为入境方进行旅客卫生检疫筛查工作。
据了解，为配合港珠澳大桥口岸实施“合作查验、一次放行”的通关模式， 在新模式中，珠海卫生检疫部门将按澳方的要求，对珠海往澳门旅客实施出境卫生检疫筛查，并将怀疑患有传染病或辐射超标且拟继续前往澳门的旅客交给澳门卫生局。同样，澳门卫生局将按珠方要求对澳门往珠海旅客实施出境卫生检疫筛查，并将怀疑患有传染病或辐射超标且拟继续前往珠海的旅客交给珠海卫生检疫部门。如出境旅客发热或辐射超标时，可以选择返回出发地，方便患病的两地居民在原居地作诊治。上述安排对没有发热或辐射超标旅客没有任何影响。
据介绍，在港珠澳大桥口岸珠澳旅检大厅内，不论入境层或是出境层，将分别设立三个查验区：
一、合作自助查验区
出、入境共设置四十条“三道门全自助”通道，旅客仅需一次排队、一次读证、一次采集生物资讯，即可自助完成珠澳双方的出入境流程，主要适用同时符合内地与澳门自助通关条件的11岁或以上的内地居民，以及凭澳门居民身份证申领《港澳居民往来内地通行证》——回乡证的澳门居民。
二、合作人工查验区
出、入境共设置十六条“单柜台半自助”通道，旅客仅需一次排队、一次读证、一次人工查验，即可完成珠澳双方的出入境流程，主要适用持中国内地旅行证件的内地居民，以及持《港澳居民往来内地通行证》——回乡证的澳门居民。
三、传统人工查验区
方便未能适用合作自助查验通道的其他国籍及年龄之旅客，出、入境共设置十二条“台并台、肩并肩”的人工通道，中间不留缓冲空间，出入境双方均设检查员查验进出证件，旅客同样只需一次排队，便可完成两边的出入境程序。
值得注意的是，澳门往返香港的旅客则维持旧的检疫模式不变。