新皇岗口岸港方口岸区开通进入倒计时，香港特区政府运输署10月7日公布口岸全面交通及运输安排，各项配套已经部署到位，预计开通初期口岸人流处于高位。相比其他陆路口岸，新皇岗口岸交通接驳覆盖面更广，可直达13个目的地，将大幅提升两地人员往来通行效率。
为提升公共交通往返口岸的通行速度，运输署专门增设由粉岭公路、新田公路直通新深路的公共运输专用车道，专营巴士、专线小巴和跨境巴士可直接驶入新口岸，不必绕行新田交汇处，相当于开辟公共交通“快线”，有效节省通行时间。
口岸运营后将开通多条公共运输路线，包含7条专营巴士路线（含1条通宵线路）、6条专线小巴路线（含3条通宵线路）以及5条24小时运营的短途跨境巴士路线，直通香港九龙、新界各地。其中专营巴士途经9个港铁站点与4个巴士转车站，方便市民快速换乘轨道交通或者其他巴士线路前往全港各地。
为应对高峰客流，口岸大楼周边设置公交缓冲区，公共交通营运商会在此停放后备车辆，客流激增时可快速加密班次，高效疏解出入境人群。针对的士管理，空载市区及新界的士、已接预约订单的车队出租车，需要先进入公交缓冲区取号，再按次序前往公共运输交汇处的士站、车队专属上客区载客。口岸内部专门设置预约车队的士乘客候车区，配套服务站与车辆到站显示屏，已预约的乘客可到站内向车队大使核验预约车辆信息，由大使调度缓冲区轮候车辆前往上客区，保障预约乘客快速乘车。
在通行指引方面，口岸各处增设电子显示屏、导向标识、地面标贴，公共运输交汇处设置有序候乘设施，现场安排服务大使与营运商工作人员，为旅客提供路线咨询、乘车引导服务。落马洲大桥等周边主要道路也增设了交通标志与路面标线，保障整体交通秩序。
新皇岗口岸正式启用后，将进一步丰富港人北上出行选择。目前全部交通配套已经准备就绪，为口岸顺利开通运营提供保障。