10月9日，深圳市人民政府口岸办公室与香港特别行政区政府保安局联合发布公告，皇岗口岸新联检大楼已完成验收，深港双方完成系统测试、试运行及应急演练，确认具备开通条件。经粤港两地政府协商，新皇岗口岸定于2026年10月12日上午6时30分正式开通运行，对旅客和客运车辆恢复24小时通关。
此次正式开通的前提是港方口岸区先期落地。按国务院批复，皇岗口岸港方口岸区及相关延伸区自2026年7月31日零时起启用，并由香港特区依照本地法律实施管辖，正式开通日期由粤港双方商定。此后两个月内，香港各部门围绕系统、流程、压力测试开展百余场演练，为新口岸切换做准备。
新皇岗口岸由原临时旅检场地过渡回原址新联检大楼运行，功能定位转为纯旅检口岸，取消货检功能。通关模式采用“一地两检”叠加“合作查验、一次放行”，旅客排一次队、出示一次证件即可完成深港两边出入境手续。口岸配置134条合作查验自助通道、68个人工柜台，以及车辆查验通道；设计日通关能力约20万人次，远期可提升至30万人次。
开通同时伴随旧通道退出：往来深圳皇岗口岸临时旅检楼与香港落马洲管制站的旅检服务同步暂停。深港夜间客运通道因此由临时设施切回新联检大楼，皇岗作为深港之间24小时旅检陆路口岸的功能重新回到主楼运行。
对旅客而言，变化集中在通关效率和接驳动线：自助通道单次查验约20秒，香港居民可经“香港e-道”登记使用合作查验通道；口岸公共运输交汇处、的士站、预约车队候车区和跨境巴士上客点同步启用。香港警方将在开通首日启动监察与前线指挥机制，应对切换时段人流车流叠加。
皇岗口岸重建始于2019年，按“建临时旅检—拆老旅检—建新联检楼”推进，是河套深港科技创新合作区的重要节点工程。新口岸正式运行的意义不只在“重新开门”，而在于把深港客运通关从两地分段查验压缩为单次查验，并为后续轨道接驳、河套园区人员和夜间消费出行提供稳定口岸底座。
铁路部门式提醒不适用此处，但出行提示同理：12日6时30分前后为切换节点，原计划经落马洲管制站旅检的旅客需改走新皇岗口岸，出行前应以12306式权威渠道——即深港口岸办公告和实时交通指引——核对路线。